De groenbedekkers zijn op dit moment nog niet op natuurlijke wijze vernietigd door een vorstperiode. Het is dus belangrijk om aandacht te besteden aan hun eventuele vernietiging. In Vlaanderen moeten groenbedekkers die gebruikt worden als vergroeningsmaatregel in het GLB mechanisch vernietigd worden, tenzij er een gras in het mengsel zit. Daarnaast is er een minimale aanhoudingsplicht afhankelijk van de landbouwstreek (15/10 polders en duinen, 1/12 leem en 1/02 zandleem).
Afhankelijk van de bedrijfsvoering (kerend of niet-kerend) is de manier van vernietiging belangrijk voor de volgteelt.
In geval van ploegen is het belangrijk dat er bij aanvang van de werkzaamheden gecontroleerd wordt of de bodemomstandigheden goed zijn om te starten met de werkzaamheden. Ploegen in te vochtige omstandigheden zal de bodemstructuur niet ten goede komen. Weinig ontwikkelde groenbedekkers kunnen zonder verkleining ondergeploegd worden. Sterk ontwikkelde gewassen moeten eerst mechanisch verkleind worden om geen te grote massa ineens in te werken. Een hoge concentratie van organisch materiaal onderaan de bouwvoor is niet bevorderlijk voor de wortelontwikkeling.
Bij niet-kerende bodembewerking is het belangrijk dat de groenbedekkers goed afgestorven zijn bij de zaaibedbereiding. Indien toegelaten, zal een (tijdige) chemische vernietiging een goed resultaat geven.
Er zijn ook verschillende mogelijkheden om de groenbedekker mechanisch te vernietigen. Een klepelmaaier zal de groenbedekker sterk verkleinen. Een zeer oppervlakkige (5 cm) bewerking met een schijveneg vernietigd en vermengd de resten van de groenbedekker. Maar al deze passages mogen slechts uitgevoerd worden op een voldoende opgedroogde of bevroren bodem. Wielsporen (ook oppervlakkige) veroorzaken verdichtingen en deze zijn niet meer te herstellen in het voorjaar!
